1、长期化肥当家：多年来长期施用二铵、尿素、硫酸钾、复合肥、复混肥等化学肥料，破坏了土壤，给中药材造成很多灾难性的问题，一是长期使用化肥，土壤中有机质严重匮乏，不少中药材种植园有机质下降到0.6%以下，有益生物菌失去生存环境，有害病菌繁衍成灾，根系受真菌的侵害，造成烂根死苗，二是因土壤中有机质严重匮乏，造成土壤板结，通气性不良，影响根系健壮生长，三是长期化肥当家，造成土壤严重酸化，特别是砂石山地区锰中毒现象日趋严重，四是长期氮肥过量，造成药苗徒长，苗势虚旺而不壮，腐烂病严重，五是长期重视大量元素，忽视中微量养分施用，土壤中中微量元素严重枯竭，生理病害严重，药材品质下降。
2、大量施用未经发酵腐熟的农家肥：大量把未经发酵腐熟的人、畜、禽粪直接施入中药材种植园土壤中，其携带的大量病菌、害虫、盐分等，都会对根系造成严重损伤，重者会造成烂根死苗。
3、长期放弃土壤管理，加剧了土壤板结：中药材种植园长期不予整刨中耕，春、夏灭草全部依靠除草剂，只灭了杂草，而不能疏通土壤的通气性，致使活土层长期处于严重板结状态，而且把中药材的根系引向地表层，既不抗旱，又不耐涝，雨后造成土壤通气不良，根系窒息而大量落叶。
4、施肥不当，造成瓜蒌生长营养输送严重不足：正常加强管理的瓜蒌种植基地，夏施追肥，秋施基肥，冬施腊肥，一切管理到位，保持了中药材瓜蒌体内贮存营养充足，根腐病很少，根壮叶茂，放弃管理的瓜蒌种植园，夏季不追肥，秋季不施基肥，瓜蒌赖以生长的营养严重亏缺，造成腐烂病泛滥成灾，体弱则多病，抵御腐烂病侵染的力极差。
5、排水设施遭堵塞，排水不畅呈内涝：一些砂石山地区的丘岭、山区，很少出现积涝烂根的现象，有的中药材种植基地，由于种植畦面过宽，排水沟过窄过浅，一旦下雨，造成畦面积水，排水沟不畅，形成内涝，遇到多雨且长期高温的季节，瓜蒌的根系长期浸泡在水中，失去吸收功能，加之长期高温蒸发，成为瓜蒌根腐病的重要原因。
6、贪图便宜，购买劣质瓜蒌种苗：有的瓜蒌种植户为了节约成本，挑便宜的瓜蒌种苗买；有的药农怕麻烦，对中药材种子种苗不做消毒处理或者置放时间过长；有的药农不懂科学种植中药材，违背种植季节与合理密植等规律……这些也会造成死苗烂根。
7、瓜蒌根茎受伤，未及时处理：地下害虫危害或栽植伤口没处理好或开沟施肥和除草时，造成根系的损伤，传染病菌从伤口侵入，使根系发病。
8、中药材瓜蒌根腐病形成的环境条件：瓜蒌种植过密，通风不好，光照不足，低温高湿或高温高湿，土壤粘性大、易板结、通气不良致使根系生长发育受阻，是引发根腐病的环境条件。
针对以上问题，可以采取以下措施进行防治：
1、转变施肥意识,走出化肥当家的误区：提倡施用农家肥；特别是施用的生物有机肥，氮、磷、钾如果不足,可用复合肥适当作补充；大力提倡利用落叶、杂草、秸秆粉碎后埋入地下,或烧成火土灰施入，改善土壤的通气性。
2、改善施肥方法,加强土壤管理：施用发酵腐熟的农家肥,要撒匀,深挖翻入土中,防止挖沟施肥过于集中烧伤根系，施用生物有机肥、复合肥,无论是田间撒施、环状或辐射状挖沟,一是辐射状挖沟要多；二是环状挖沟要长；三是深度要适宜，使肥料广泛的接近瓜蒌的吸收根，但不能太近，不要直接与瓜蒌根部接触，以免伤及根系，撒上肥料与土充分掺匀后覆土,防止肥料成堆烧伤根系。
3、施足基肥,冬季施腊肥，贮存营养：要充分认识瓜蒌秋冬季冬季贮存营养充足,既是瓜蒌根茎健壮的基础,又是下一年高产的关键，施腐熟有机肥、钾肥、磷肥，使植株“强壮”，以增强抗病力。
4、疏通排水系统,防止瓜蒌种植基地积水：选择地势高，排水条件良好的