Crystalmaker怎么用?
1.首先,打开CrystalMaker并创建一个晶体,然后执行New Crystal,即file。弹出窗口包含需要创建的项目。它会自动生成晶体,因此首先需要告诉计算机绘制晶体所需的参数。在这里,需要从上到下依次填充的是空间群、晶体炮参数和原子坐标。
2.所以我们先去决定质数据库Findit进行查询。我用的Findit比09年用过王版,所以先把系统时间定在09年才打开。在这里,我们要画的晶体是尖晶石型的ZnCo2O4,选好左下方的筛选方式,然后分别按Zn、Co、O,然后Search。
3.从结果中我们看到了一种没有我们想要的整数比的物质,但明显地,这里只是部分Co代替了Zn的位置,所以原子坐标和空间群并没有改变,只是晶体炮参数不能使用。这里的空间群是fd3米。
4.返回CrystalMaker,并在“浏览点”中手动添加空间组。
5.输入晶体炮参数后,由于空间群已经被选中,软件将让你只填充你所能填充的部分。
6.继续查找Findit内的原子坐标。在这里,SOF是指原子点位率,即出现在该位置的原子比例,显然这里Co和Zn重叠,但是我们画的是完美的晶体,所以我们Zn取点位率0.79,Co取0.9的那个。
7.添加项作为Add,输入所有原子,然后点ok。
8.结果就是这样。
9.如果看起来不好,就调整原子半径。
10.然后我们告诉软件原子之间是如何起作用的,点火Edit--Bonding,用add添加条目,用Co-O键和Zn-O键替换它们。
11.关键长查手册,但在这里,我们只是画画,你可以随便指定,只要满足配位关系即可。这里Co应该是6倍位,Zn应该是4倍位,拉出Info,满足了配位关系,让ok了。
12.钥匙被贴上了。
13.但这是伏尔瓦格特图,我们想要的结果是立方体堆积,所以订购Model Polyhedrel。这样,关键点就会消失。
14.然后,将Co和Zn的模型更改为半透明立方块。订购Apply确认。
15.然后就是这个样子。
16.在我们标记的范围内,有些原子不符合配位要求,没有显示,所以需要调整范围。点变换--Set Range。选择适当的范围并运行apply。
17.消除多余的氧原子,还有动画效果,相当有趣。
18.对准棍子的模型。
19.再调整一下背景。
20.也请调节正泡虚线。
21.换到另一个角度是不同的形状。
22.保存。