自1988年起，酉阳土家族苗族自治县就隶属于黔江地区，直到1997年3月，酉阳才正式成为重庆市直辖县级区划单位。
1997年3月，八届全国人大五次会议通过了国务院设立重庆直辖市的议案，自此，酉阳土家族苗族自治县归属重庆直辖市的黔江地区管辖。
直至1998年2月下旬，中共中央、国务院决定撤销黔江地区，并设立重庆市黔江开发区，该开发区设有党工委和管委会，同时代管石柱、秀山、酉阳、彭水、黔江五个自治县，其中酉阳土家族苗族自治县归入重庆市黔江开发区。
在2000年6月，重庆市政府撤销万州移民开发区和黔江开发区，同时撤消黔江土家族苗族自治县，并将原黔江开发区的四个自治县改归重庆市直辖管理，而酉阳土家族苗族自治县则直接归属于重庆市直辖的中央直辖市。
在以上过程中，酉阳从属于黔江地区到成为重庆市直辖县级区划单位，再到被撤销并重新划分，最终形成了如今的格局，这个变化历程不仅见证了历史的发展变迁，也反映了地方行政体制的改革和发展。
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